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El conjunto monumental que forman el Palacio y la Iglesia sorprende por su armoniosa edificación.En la portada principal del Palacio figura la cabeza de un león, sujetando el escudo heráldico ajedrezado del Valle de Baztán, ganado por el valor y heroísmo de los baztaneses en la batalla de las Navas de Tolosa (1212).
El señorial Palacio, flanqueado en su lado izquierdo por un elegante torreón, adornado con remates de bola, cuenta con dos plantas engalanadas con arcos de medio punto y comunicadas a través de un patio cuadrangular. La escalera que las une es similar a la del Palacio Goyeneche de Madrid, hoy Real Academia de Bellas Artes de San Fernando.
La Iglesia, de mayor altura que el Palacio, termina en tres altivas torres, con chapiteles de pizarra a cuatro aguas. En el centro de la fachada, una hornacina acoge la figura en piedra de San Francisco Javier, copatrón de Navarra y apóstol de las Indias, de ascendencia baztanesa, ya que su madre era de Azpilcueta.
El retablo del altar mayor, de mármol, lo preside la escultura, también en mármol, de San Francisco Javier, esculpida por Churriguera.
Remata aquél un medallón del Santo, bautizando a un rey infiel, acompañado por dos indios.
El coro de la Iglesia se comunicaba interiormente con el Palacio, lo que permitía a la familia Goyeneche acceder a los oficios religiosos desde su residencia.
Atesora la Iglesia tallas de marfiles filipinos, de la época de Goyeneche, con gran calidad artística. La más venerada es la del Cristo del Socorro, que preside el Vía Crucis de la Javierada, que desde el año 1977 organiza la Comisión de Navarros en Madrid y patrocina la Real Congregación de San Fermín de los Navarros. También son de admirar un San Juan Bautista, una Sagrada Familia y una Virgen con el Niño.
En la Iglesia, en un estado de conservación muy aceptable, se celebran oficios religiosos a lo largo de todo el año, teniendo gran relieve las solemnidades litúrgicas principales.
Delante de la fachada principal se abre la plaza de la Iglesia, con sus jardines. En la parte posterior, la plaza de Fiestas o de Toros, enmarcada por una larga balconadacon arcos y barandillas, albergaba en la época de los Goyeneche corridas de toros, a las que asistieron en alguna ocasión Felipe V y su familia.
Completa el conjunto arquitectónico una extensa superficie de terreno, en parte arbolada, denominada La Campa, que era el antiguo jardín de Palacio.
Este bello Palacio, que permanece dormido durante los últimos años, espera la pronta rehabilitación que lo saque del estado de abandono en el que se encuentra en la actualidad, estado que ha propiciado un lento y progresivo deterioro así como el expolio de sus bienes m uebles y de los elementos constructivos más fundamentales como puertas, ventanas, rejas, suelos, etc.
Con el fin de potenciar su reconstrucción y posterior utilización, se creó la Asociación del Patrimonio Histórico de Nuevo Baztán, que está llevando a cabo una importante actividad para conseguir por parte de su actual propietario, la Comunidad de Madrid, y con la ayuda de cuantas instituciones públicas y privadas tengan interés, una pronta puesta en funcionamiento para el bien del patrimonio histórico español.
